妳們是幸運的，不用遭受外面世界戰爭與飢荒的痛苦，能平安生活在此。戰爭爆發之後，國家將年輕男女分開，將少女們聚集於名為「臨時校舍」的學園之中。臨時校舍在全國有好幾所，偶爾會有國家派遣的男生們來校舍視察。少女們在學校上課，過著宿舍與學校往返的生活。在她們之間，流行著名為「創作森林」的遊戲。所有身處臨時校舍的少女，都擁有能透過想像力憑空創造森林的能力。條件是必須在深夜至清晨的期間、必須在室內獨自一人，具體想像自己想要的森林，浮現自己在森林中遊玩的場景，就能製作出每個人獨特的森林。除了一位少女──神林搖，搖是唯一一個創造不出森林的女孩子。

搖在剛轉學到臨時校舍時，對校舍制度存在著不信任感，自己獨自在調查森林時，圖書館的彌榮老師交給了她一本筆記本。筆記本的撰寫人不明，但內容包含了各種與森林相關的研究與線索。據說其他校舍中，曾有過森林的「結婚」現象。由不同少女創作出的森林，在融合時會產生彷彿祭典般的華麗特效，象徵著女同性戀情侶間的結合。少女們透過不斷創造森林，回歸原始森林中，治癒自己的傷痛，變回自己原本的容貌。

搖在不斷嘗試創造自己森林的過程，認識了另一位少女榎國睡藻。從睡藻的口中，搖得知了臨時校舍的真相。各地的校舍有著不同職責，有以家庭背景、遺傳病的有無、視力與咬合，以及樣貌各種條件，做為選別入校女生的基準。目的只有一個，為了戰後的生育用途。一旦戰爭結束後，活下來的男性，或是被隔離在男性臨時校舍的人們，為了國家的未來，將來到女性校舍挑選他們中意的女性，迎娶回家。現在她們能在校舍中安心生活、被配給充足食物、接受頻繁的健康檢查，就如同家畜被眷養在牢籠之中。

在與睡藻邂逅後，搖有能力得以創造出自己的森林。搖的森林與睡藻的森林產生了接續，並擴及到了校舍其他少女們的森林。少女們為了逃避現實，沉迷於菸、酒與性之中。然而，在戰火延燒，背後蠢蠢欲動的陰影即將侵襲校舍之時，少女們創造的森林，其靈魂的共鳴，將引發奇蹟……。