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主人公海松子的父親是大學教授，母親則是擅長烹飪且有著良好時尚品味。 她容貌美麗。然而，她對化妝、時尚、髮型等完全沒有興趣，也不知道該怎麼做，甚至連購物也不喜歡。 高中時期在父母兩人精心養育打理下，成為了大家憧憬的美少女。

早雲女子學院在日本是間具有悠久歷史遠近馳名的寄宿制名門女子學校。 能進到這間名校的學生不是出自官宦世家、就是財團千金。 全校有超過7百名學生，分有中學、高中兩部，

高校運動會前一周全校師生都忙著準備各項活動、競賽，花音因參加排球社打球受傷以致無法參加學校的運動會。此時朋友來拜託她代班圖書委員職務一周。花音是個運動神經發達活潑好動的女孩，圖書館是她在學校裡最不想去的地方，但因朋友的拜託只好勉為其難幫忙代班一周。花音在圖書館跟朔太郎兩人無意間發現了一本借了10年現在才突然歸還的書『飛ぶ教室』和夾在書中紙條裡的文字。 紙條上寫著「不需要方舟。一群頑皮的死小孩。破壞週六的舞蹈表演！」兩人被這紙條上的文字吸引，絞盡腦汁想解開這紙條上所寫的是什麼事情，進而揭開了10年前的謎團。這並不是什麼危險恐怖的事情，而是牽連著10年前去世的一位可憐的圖書委員的經歷。